Retablo de la Virgen del Pilar
16. Retablo de la Virgen del Pilar: La capilla del crucero la ocupa el retablo de la Virgen del Pilar, realizado en mármol en Zaragoza en 1940, sobre la base de otro anterior construido en 1912, réplica del de la Santa Capilla. A imitación de su homónima aragonesa, se le incorporaron también en 1940 unos relieves laterales con las escenas de Pentecostés y la Asunción. En el friso de la capilla aparecen en bronce una serie de fechas emblemáticas en la historia del culto a la Virgen del Pilar en Pamplona: 1433 (fundación de la Real Orden de Santa María del Pilar por la reina Doña Blanca de Navarra), 1679 (fundación de la Cofradía pamplonesa de Nuestra Señora del Pilar), 1907 (creación de las Damas de la Corte de Honor) y 1940 (año de construcción del altar, en conmemoración del XIX centenario de la venida de la Virgen en carne mortal a Zaragoza).
En el 2005 se realizó una rehabilitación integral de la capilla, colocándose los dos jarrones de porcelana china y los escudos de Navarra y de la Real Orden de Santa María del Pilar.
Corona la capilla una vidriera circular con la imagen de San Nicolás obispo, montado en una barca como patrón de los navegantes y otra lateral que representa a la Virgen del Pilar.